Conforme os dados divulgados no Atlas dos Municípios, compilados pela Fundação SOS Mata Atlântica e INPE, o Noroeste Fluminense perdeu 1.004 hectares dos remanescentes da Mata Atlântica, no período 2013-2025. Tendo em 2015 e 2014 os anos mais críticos em devastação do bioma na região neste período, nos quais foram registrados desmatamentos de 657 ha e 439, respectivamente. A partir de 2018 iniciou-se um período de estabilidade e regeneração, mas em 2024 e 2025 voltaram os desmatamentos. A cobertura do bioma na região representa apenas 5,77% do território, o índice mais baixo de todas regiões do estado do Rio de Janeiro.
Os fluxos dos mananciais de águas, que dependem fundamentalmente destes parcos remanescentes, prestam serviços ambientais importantes como a proteção de mananciais hídricos, a contenção de encostas, a temperatura do solo e a regulação do clima, já que regiões arborizadas podem reduzir a temperatura em até 2º C.
Entre os municípios da região, apenas Varre-Sai e São José de Ubá registraram crescimento do bioma no período (226 ha e 44, respectivamente).
Varre-Sai detém a maior reserva de remanescentes da Mata Atlântica na região (10,77%), em seguida Lajje do Muriaé (10,11%), Miracema (9,85%), Porciúncula (9,20%).
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